A mediados del Siglo XVI, llegaron los Franciscanos estableciendo un Convento en Chocamán y estos mismos religiosos levantaron las primeras iglesias en Coscomatepec, Amatlán y otros lugares. Para facilitar la enseñanza de la doctrina, hicieron llegar a los vecinos de Iztayuca al cerro de Cuezcomatepetl.
Se ha llegado a creer que los Dieguinos estuvieron en Cuezcomatepeque y que fundaron el Templo de San Diego, el primero que existiera en el lugar, porque la palabra Ixteopan (Ixtiuca), donde se encuentra ubicada esta capilla, quiere decir frente al Templo.
No es posible precisar el sitio en que fue levantada la primera Iglesia de San Juan Coscomatepeque, se asegura que os muros de la actual capilla de San Diego, son restos de este primer templo. Tampoco se sabe en qué fecha se erigió.
Se tiene noticia de la existencia de una iglesia, por el último tercio del Siglo XVI, aunque es un manuscrito bastante ilegible, se aprecia que dice que en 1580, los naturales eran congregados en la Casa de Dios.
En el primer tercio del Siglo XVII, año de 1631, ocurrió un incidente, por lo que el sacerdote oficiante suspendió el acto religioso, pues, se desprendió una parte del pórtico del templo. Esto hizo que Pedro Maximiliano, gobernador y Juan Bautista y Pedro Basilio, alcalde, a su
nombre y al de los principales maceguales del pueblo, solicitaran del Corregidor, Capitán Antonio Pereira de Castro, su intervención para obtener del Virrey Don Rodrigo Pacheco y Osorio la autorización necesaria a fin de derribar la Iglesia de adobe, que tenía las paredes cuarteadas y apuntaladas por una de cal y canto.
La primera vez que la Iglesia sufrió daños de consideración fue el 23 de Agosto de 1694 a causa de un fortísimo temblor. En 1818 el templo fue destruido nuevamente por un terremoto. Tiempo después desapareció por las mismas causas. Se optó por uno provisional de madera que se incendió años más tarde.
Un terremoto ocurrido el día 12 de Marzo de 1819 a las 18:15 horas derrumbó la Iglesia Parroquial. El templo destruido se encontraba en el mismo rectángulo que ocupa el actual pero de mucho menos dimensión, su techo era de teja y tejamanil, estaba orientado hacia sur a norte, teniendo por tanto su entrada principal por la Plazuela llamada del ¨Zacate¨ y que hoy sirve de Mercado. No ocupa el centro del Rectángulo, sino la parte oriental de éste, y donde se ubica el Curato, servía de ¨camposanto¨.
Cuando se derrumbó ese templo era el Cura Párroco el Dr. Dn. Juan García y estábase construyendo un colateral cerca del altar mayor que ostentaba en su mayor altura una imagen de la Virgen María. En este tiempo había un indio rico y de influencia entre su clase. Cuando vino a ver el templo y el colateral derruido, exclamó en su idioma ¨Diablo ocuical colateral nochi ica tonantzin¨, que traducido constituye una blasfemia ¨el diablo se llevó el colateral con todo y nuestra madre¨.
Con motivo de esta desgracia, se procedió a edificar un templo en el centro del cuadro del cementerio. Se hizo una buena arquitectura de una sola nave. Duró haciéndose 14 años y después de concluido, apenas sirvió diez.
Después de esta desgracia, el Sr. Cura Don Antonio Amez y Argüelles, improvisó un templo de madera en un lugar opuesto al del templo o sea donde hoy se encuentra el Palacio Municipal, con la condición de emprender otro templo de buena y rica arquitectura. La obra estaba por concluirse cuando el 4 de octubre de 1865, fue arrojando al suelo el nuevo ¨templo¨. La naturaleza sísmica de Coscomatepec por su cercanía con el volcán Citlaltépetl, hace que los sismos sean intensos.
Ello ha dado lugar que en varias épocas se han destruido templos y edificios. Pensar en hacer un edificio enorme con techos pesados es¨ provocar la ira de Dios¨ nos dice el Padre Santiago Morales. Necesario es por tanto, que al reedificarse esos escombros, se aprovechen las últimas invenciones en materia de edificios, todo aquello que cuesta, pero que asegura la obra y garantiza la vida.
El techo de lámina de la Iglesia se lo debemos a un hombre que supo ganarse el cariño, respeto y estima de sus feligreses el Padre Don Miguel Domingo Reyes. Un viejo compañero del Templo es el Reloj donado por el Sr. Rafael Gómez, siendo Párroco Don José Casas.
Otro temblor que dejó a la Iglesia Parroquial mutilada fue el del 3 de enero de 1920, cayendo a tierra una de las torres lo que le valió a la población el mote de ¨San Juan Torre Mocha¨. Murieron muchas personas y otras quedaron sin hogar.
Durante la Semana Santa de 1927 fueron cerradas las puertas del Templo, a causa de la ¨Guerra Cristera¨, pero el pueblo se unió y junto con su Párroco el padre Silvino Díaz y las Asociaciones Católicas, obligaron al Presidente Municipal a que se abriera la Parroquia. Siendo Párroco Don Manuel García Ceballos 1951-1973, se preocupó por reconstruir las torres, se puso el piso y alumbrado eléctrico. Pero la naturaleza tiene su ciclo y el 28 de Agosto de 1973 un fuerte sismo sacude a la Ciudad quedando destruido el altar Mayor, dañado el Templo y sus torres, se pasa el culto a San Diego de Alcalá. El Padre José Pérez, recién llegado emprende la reconstrucción de la Parroquia la que casi terminó.
Estando las campanas ya deterioradas el Padre Félix Herrera y toda la feligresía, quienes donaron objetos de oro, bronce y cobre las arreglaron. El templo nunca lució tan hermoso como con la gestión del Padre Javier Rodríguez Sáinz, podemos decir que completo, con Salones y terminando el Curato.
Otros sismos han sacudido a la Ciudad, causando daños menores. En la actualidad tenemos un hermoso Templo, que luce con orgullo sus candiles, gracias a la labor del Padre Gerardo. Hoy podemos observar su torre del lado del viejo pino un poco inclinada, sólo esperamos que la desgracia, como eslabón de una cadena interminable de tantas, se aleje por siempre de nuestro templo, sitio donde nos congregamos espiritualmente.
